利用高通量测序技术对水稻秸秆中、低温降解菌系的比较分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对中、低温（中温25 ℃、低温10 ℃）富集驯化所得水稻秸秆降解菌系进行测序;采用生物信息学方法对中、低温秸秆降解菌系群落生物多样性进行分析。结果表明,测序质控后获得601 489条16S rDNA序列,平均长度273 bp,经Silval 132数据库比对,中温降解菌系包括18个门,172个属,302个OTU,其中优势菌属为弓形杆菌属（Arcobacter）、拟杆菌属（Bacteroides）、屠场杆菌属（Macellibacteroides）、假单胞菌属（Pseudomonas）和梭形杆菌属（Lysinibacillus）;低温降解菌系包括16个门,169个属,280个OTU,其中优势菌属为弓形杆菌属、屠场杆菌属、拟杆菌属、丛毛单胞属（Comamonas）和假单胞菌属。温度对降解菌系中优势菌门的相对丰度无显著影响,中、低温秸秆降解菌系主要菌属相对丰度差异显著。     

遗传标记和免疫学方法在实验动物质量控制中的应用

生命科学发展迅速,实验动物级别逐渐提高,在保证生物制品实验结果可靠性前提下,完善动物由低级别向高级别过渡显得十分必要,最终目的达到实验动物标准化和动物实验规范化。对实验动物质量控制中的遗传标记和免疫学方法进行了综述。     

幽门螺杆菌感染胃组织基因芯片生物信息学分析

为探讨幽门螺杆菌感染胃组织后差异基因变化,深入分析参与疾病发生、发展的分子机制。从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载幽门螺杆菌感染胃组织基因芯片数据(GSE5081),根据胃粘膜组织是否受损分组,分别比较幽门螺杆菌感染者与阴性对照组,获得差异基因并进行功能分析包括GO分析、信号通路分析,基因相互作用及基因共表达,得到重要核心基因,并通过实时定量PCR方法进行验证。结果表明:得到参与幽门螺杆菌感染后上调的44个主要基因,主要涉及的GO分析及信号通路包括免疫反应、炎症反应、抗原提呈、细胞因子通路、因子受体关联,细胞粘附分子等。研究发现核心基因CXCR4,CCL20,JAK3,TNFAIP2,PLEK,HLA-DMA,PTPRC,CXCL13,BCL2A1,并通过实时定量PCR的方法进行部分验证,CXCR4,CXCL5,CXCL2在幽门螺杆菌感染后的胃黏膜组织表达高于对照组。幽门螺杆菌感染后胃粘膜组织引起免疫反应,炎症反应,抗原提呈,因子受体关联,细胞粘附分子通路的激活。同时发现一些主要的趋化因子相关基因CXCR4,CXCL5,CXCL2,CCL20,CXCL1等,涉及增殖,炎症,免疫,凋亡基因JAK3,TNFAIP2,PLEK,HLA-DMA,PTPRC,BCL2A1等的表达上调,并实时定量PCR验证部分相关基因的表达。这些结果为从分子网络机制层面上认识幽门螺杆菌感染提供分析思路及基础。     

几种真姬菇菌种保藏方法的保藏效果对比

【背景】菌种保藏方法与保藏效果是菌种质量的前提和保证。随着真姬菇Hypsizygus marmoreus栽培规模和产量的逐年递增,选择最佳的菌种保藏方法也越来越迫切。【目的】对真姬菇菌种的常见保藏方法及保藏效果进行分析和研究,寻找简便、高效、廉价的真姬菇菌种保藏方法。【方法】通过对比菌丝生长率、菌丝脱氢酶活性以及菌丝对色度培养基的脱色率等指标参数来评价保藏方法的保藏效果。【结果】通过对三大类27种真姬菇菌种保藏方法 3个月保藏效果的对比分析发现,三大类菌种保藏方法中保藏效果最好的是水溶液保藏法,其中以0.1%PEG6000水溶液保藏效果最佳;其次为木屑保藏法,其中以盐水浸泡过的杨木木屑保藏效果最好;斜面保藏法效果最差。正常保藏实验的效果好于加速保藏实验。【结论】与当前真姬菇菌种保藏的常规方法相对比,本实验所采用的菌种保藏方法大大拓宽了菌种保藏方法的种类与范围,提高了菌种保藏的效果。     

滇西北纳帕海湖滨带优势植物茭草茎解剖结构对模拟增温的响应

高原湿地湖滨带植物对气候变暖表现出强烈的功能响应,是全球气候变化的主要现象之一。植物解剖性状直接关系到植物的生态功能,为探讨气候变暖对湿地植物茎解剖结构的影响,该研究利用开顶式生长室分析了模拟增温对滇西北纳帕海湿地湖滨带挺水植物茭草茎解剖结构的影响。结果表明:(1)茭草地上茎在增温4 ℃的范围内,主要通过增加表皮结构厚度以增加表皮失水来响应增温; 地下茎在增温2 ℃的轻度增温条件下与地上茎的响应策略相同,而在增温4 ℃时主要通过减小维管结构大小以降低气穴化风险来响应增温。(2)年最高温度和夜间积温是影响茭草茎解剖结构性状的关键因子,但该两个温度因子仅对地下茎筛管大小的影响达到显著水平(R²=0.838, P<0.01)。(3)内表皮细胞厚度是地上茎响应增温的最主要性状,并与温度因子呈显著正相关。地下茎导管和筛管大小是地下茎响应温度升高的主要性状,二者与温度变量呈负相关关系。综上表明,茭草地上茎和地下茎对增温响应策略存在差异,为揭示高原湿地植物应对气候变暖的响应规律以及生态适应策略提供了科学依据。基于当前气候变暖的背景,建议未来采用更科学的实验方法对更多高原湿地植物的生态响应过程及规律进一步深入研究。     

青海湖裸鲤自然产卵场的生境特征及无人机遥测判别——以泉吉河为例

自然产卵场是维持物种延续最关键的栖息地,青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalskii）的自然繁殖栖息地状况和生境特征尚缺乏详细的定量研究。以青海湖入湖河流泉吉河为例,在平水期采用现场调查和无人机遥测的方法对青海湖裸鲤的自然产卵场分布及生境状况进行调查,确定其产卵场生境特征参数,建立基于无人机遥测识别产卵场的方法并进行复核验证。结果表明：泉吉河河道形态可分为弯曲型、分汊型和顺直型等三种典型河型,青海湖裸鲤自然产卵场主要分布在弯曲型和分汊型河道中,分汊型河道几乎100%都有产卵场分布,弯曲型河道有70%为产卵场;产卵场河道平均长度（135.13±61.13） m,平均宽度（30.01±17.51） m,平均曲折度1.09±0.07;平均面积（4586.6±4201.61） m²;产卵场常位于缓水浅滩处,平均水深（0.19±0.10） m （范围：0.03-0.44m）,平均流速（0.24±0.20） m/s （范围：0.01-0.81m/s）,河床质为含有沙粒的卵石（粒径：163-256mm）底质。河道形态、沙洲分布、水深特征等特征参数可作为无人机遥测识别产卵场的判断条件,并实现验证成功。研究结果可为开展整个流域的青海湖裸鲤自然产卵场现状评估及保护对策制定提供技术支撑。     

白蚁生物多样性及其对生态环境变化的指示作用

白蚁是热带和亚热带生态系统最主要的无脊椎动物分解者,具有十分重要的生态作用,但因长期缺乏标准化取样方法,白蚁生物多样性研究及其在生态管理中的应用受到限制。本文回顾了白蚁生物多样性及其对环境变化响应的研究进展,概述了白蚁功能分类的现状,介绍了白蚁多样性取样方法的发展,分析了白蚁多样性对生态环境的差异、人为干扰的响应及其生态指示作用,以期为白蚁生物多样性的深入研究及其在生态管理中的应用提供思路与方向。     

广西眼镜蛇蛇毒磷脂酶A_2的分离纯化及其对HSC-T6细胞的作用

目的对广西眼镜蛇毒中磷脂酶A2(PLA2)进行分离纯化,测定其对肝星状细胞HSC-T6的增殖抑制作用。方法采用Sephadex G-50凝胶层析柱、CM-Sepharose CL-6B离子交换柱、Macro-prep High S预装柱结合的方法分离广西眼镜蛇粗毒,经平板法测定各峰的PLA2活性;经SDS-PAGE电泳鉴定终产物纯度并测定分子量,NanoLC-ESI-MS/MS鉴定其组分;CCK-8法测定PLA2对肝星状细胞(HSC-T6)的增殖抑制作用,确定其凋亡的最小毒性浓度。结果 Sephadex G-50凝胶层析柱、CM-Sepharose CL-6B离子交换柱、Macro-prep High S预装柱层析法,得到第Ⅲ峰具PLA2活性,且达到电泳纯,经NanoLCESI-MS/MS鉴定其为PLA2,分子量约为14.06kD;PLA2在0~1μg/ml的浓度下对HSC-T6细胞具有一定的促增殖作用,2μg/ml时细胞数达到最大值,4~16μg/ml时对细胞生长有抑制作用,且随浓度增大细胞数降低。结论采用Sephadex G-50、CM-Sepharose CL-6B、Macro-prep High S预装柱结合的方法对广西眼镜蛇毒进行分离纯化,得到电泳纯且具PLA2活性的磷脂酶A2;广西眼镜蛇毒PLA2对肝星状细胞HSC-T6增殖有抑制作用,PLA2对HSC-T6细胞的最小毒性浓度为2μg/ml。     

十二烷基硫酸钠协同微波-酶法提取布渣叶总黄酮

采用十二烷基硫酸钠(SDS)协同微波-酶法提取布渣叶总黄酮,选取微波辐射时间(X1)、SDS质量分数(X2)、液固比(X3)、恒温水浴提取时间(X4)、酶解时间(X5)进行U15(54×3)混合水平均匀试验设计,利用偏最小二乘法(PLS)处理试验数据,建立数学模型,确定提取的最优条件并进行验证;另外,将优化后的提取结果与其他提取方法进行比较.研究结果表明:优化的提取条件为X1=1min、X2=0.16％、X3=30.75 mL/g、X4=50 min、X5=30 min.与其他提取方法相比,该法提取效率高,环保无污染,具有一定的应用价值.